Los tratamientos de reproducción asistida son en general procedimientos de bajo riesgo. Algunas de las complicaciones pueden ser controlables modulando la intensidad de la estimulación ovárica efectuada o reduciendo el número de embriones que se transfieren. Otras, como el embarazo ectópico y el aborto, dependen de factores muy poco controlables.

Las complicaciones y riesgos más comúnmente observados son:

- Síndrome de hiperestimulación ovárica (SHO)
- El embarazo ectópico
- El aborto espontáneo
- El embarazo múltiple
- Riesgos específicos existentes en las mujeres de edad avanzada
- Riesgos psicológicos

Riesgo genético

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